应当说 ， 中国古代的哲学与科学也走过从混融到逐步分离的过程 。至迟到西周 ， 医学已成为独立的知识系统 。但是中医学至今仍保留着阴阳五行而与哲学相贯 ， 这一点与西医和西方科学却很不相同 。有人据此认为 ， 中医学始终没有摆脱古代的朴素性 ， 仍然停留在前科学的阶段 。中医学要现代化 ， 要成为科学 ， 就必须与哲学彻底分离 ， 甩掉那些哲学范畴 。
这种主张看上去很有道理 ， 但仔细分析起来 ， 却是一概以西方学术为标准而忽略了中医学和中国哲学的特点 。
?二者均以自然整体观为基础
概略地说 ， 中国哲学是时间哲学 ， 或自然整体哲学；中医学是时间医学 ， 或自然整体医学 。中国哲学和中医学所坚持的整体是完全的本始的整体 ， 是自然的演生的（时间的）整体 ， 故特称自然整体 。（西医构建的是合成—空间整体 。）这样的整体有一个重要特性 ， 就是全息 。意思是 ， 整体的每一局部都含有整体的全部信息 。基于这种观点 ， 中国哲学和中医学认为人是一个小宇宙 ， 人身上的基本特性与生出人的天地宇宙有对应关系 ， 可以相互参照 。
关于这一点 ， 张介宾说：“人身小天地 ， 真无一毫之相间矣 。今夫天地之理具乎易 ， 而身心之理独不具乎易乎？矧天地之易 ， 外易也；身心之易 ， 内易也 。……医之为道 ， 身心之易也 ， 医而不易 ， 其何以行之哉？”（《类经附翼·医易义》）“易”指《周易》之易 ， 即变易及变易之理 。天地之易与身心之易有一致性 ， 所以可以也应当运用天地之易来行医道 。天人相应、医易相通 ， 并不是由于中医学和中国哲学朴素、幼稚 ， 而是因为它们建立在自然整体观的基础之上 ， 是自然整体观引出的结果 。如果不是建立在自然整体观的基础之上 ， 其哲学之理与具体科学之理也不可能如此相通 。
自然的整体观强调整体决定局部 ， 部分由整体生出 ， 因而主张从整体看局部 ， 又称“以大观小” 。这样做 ， 就是把事物放在整体的联系之中加以观察 ， 从而能够揭示事物内外的整体关系 。由于是自然的整体观 ， 即时间演生的整体观 ， 所以把事物放在整体的联系之中加以观察 ， 就是放在天地宇宙大化流行的联系之中加以观察 。对于医学来说 ， 医家看人 ， 不仅把人本身看作一个整体 ， 强调人之整体对人之局部起决定作用 ， 首先更要把人和天地万物看作一个整体 ， 强调人是天地宇宙的一个部分 ， 为天地所生 ， 为天地所养 ， 无论从发生还是从生化的角度 ， 天地对人都保有决定作用 ， 故人之整体要受天地整体的制约 ， 人与天地有应合关系 。
这就是说 ， 坚持自然整体观的中医学 ， 其基本的出发点是以天地宇宙的视角来体察人的生命过程 。因此 ， 为了揭示人与天地万物的整体联系 ， 说明人身内外如何受到宇宙大环境的决定和影响 ， 就必须运用一些整体性哲学的范畴居高临下地来考察人的生命过程 。然后以此为导向 ， 再进一步研究人之生命各项具体的生理病理规律 ， 以及它们与各种天然食物、天然药物的关系 。而阴阳五行理论对天地万物进行整体归类 ， 就体现了从天地整体看万物局部的原则 。
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