第二 ， 由于阴阳和对立统一规律属于世界的不同层面 ， 所以阴阳概念与对立面概念各有不同的内涵与外延 。
第三 ， 阴阳本质上是时间性规律 ， 从整体对部分的决定作用着眼 ， 故阴阳从根本上说 ， 强调和谐、统一 ， 强调对整体的保持和维护 。为了事物的日新和发展 ， 主张尽力发挥阴阳整体的调节功能 。对立统一本质上是空间性规律 ， 把事物看作是合成的整体 ， 从部分对整体的决定作用着眼 ， 故对立统一规律从根本上说 ， 强调斗争、排斥 ， 强调对整体的分解和打破 。为了事物的日新和发展 ， 主张把重心放在对陈旧部分的更换上 。
从这三点不同可以想见 ， 如果把阴阳拉向对立统一规律 ， 就会改变中医学的自然整体医学的特质 。
中医哲学是现象层面的整体哲学
20世纪70年代 ， 系统哲学传入我国 。系统哲学以系统论、控制论、信息论等现代系统科学为基础 。系统哲学的实质是整体观 ， 因而与中医哲学有许多共同点 。中医学的主要路径（不是全部）是 ， 通过恢复和提高人身整体调节功能 ， 从而达到祛病健身的目标 。这与系统哲学的思想原则相一致 。中医学和系统科学都是把重点放在事物的整体关系上 ， 而不是放在事物的实体构成上 。它们都着力研究相关复杂系统的整体规律 ， 把调整和优化事物的整体关系 ， 改善和提高整体功能 ， 防止事物整体运动的不利倾向作为自己的任务 。因此 ， 现代系统科学和系统哲学对中医学和中医哲学有借鉴和启示意义 。
但是 ， 要清醒地看到 ， 现代系统科学和系统哲学与中医学和中医哲学仍然存在着重大差别 。现代系统科学和系统哲学的确已经把关注点从物质实体转向了整体关系 ， 开始更多地关注时间 ， 但是它们植根于物质实体科学 ， 所采用的方法 ， 从思维方式、逻辑概念 ， 到具体的认识手段 ， 都与物质实体科学有着千丝万缕的联系 ， 以空间为本位的观念并没有根本改变 ， 所以它们仍然采取主客对立的认识方式 ， 主要利用抽象方法 。这使它们的认识不打算、也不可能固守在事物自然状态下的现象层面 ， 而自然状态下的现象层面却是事物本始的完全的整体层面 ， 是事物自然的演生的（时间的）整体层面 ， 也就是最高的整体层面 。
中医学和中医哲学所要把握的恰恰是人和宇宙的自然的完全的整体层面 ， 所以它们立足于“象” ， 即立足于不受任何损坏的完全整体的自然呈现 ， 而现代系统科学和系统哲学所把握的整体则属于另外的层面 。
要认识事物完全的自然的整体 ， 必须主要采取主客相融的认识方式 ， 以意象思维统摄抽象思维 。唯有这样 ， 才有可能获得事物之表里内外 ， 事物与宇宙万物以及事物与认识主体在自然状态下的全面联系 。也只有做到了这些 ， 才算是达到了事物完全的整体 。为此 ， 光靠观察分析、逻辑推理是不成的 ， 还必须依靠意识之上的觉和悟 。
“气”是事物 ， 尤其是生命现象整体联系的无形“使者” ， 是生命和一切事物运动的源泉 。精神意识活动 ， 作为现世界中最高的自然整体功能和现象 ， 它们的存在和进行 ， 更离不开“气” 。而与“气”的沟通和对“气”的把握 ， 则唯有通过主客相融、静念默观的方式才有可能 。这些历来是中医学和中医哲学不可些许打折的主题 ， 而远远不为现代系统科学和系统哲学所理解 。
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