全文共分五段 。
第一段：“臣闻朋党之说，自古有之，惟幸人君辨其吾子、小人而已 。”“朋党”，指同类人因某种目的而在一起 。“自古有之”的“之”是代指“朋党之说”的 。“幸”是希望的意思，“惟幸”，说只希望 。“其”，代“朋党”，为第三人称“他们” 。听说有关朋党的议论，是自古以来就有的，只是希望国君能辨别他们是君子还是小人罢了 。
第二段：“大凡君子与君子以同道为朋，小人与小人以同利为朋，此自然之理也 。”“以同道为朋”，就是因志同道合而结为朋党，“以”是因为的意思，“以同利为朋”，就是因利害关系相同而结为朋党 。接下去，作者以设问的方式提出问题：“然臣谓小人无朋，惟君子则有之，其故何哉？”这里用“然”字转折，问道：“我以为小人没有朋党，只有君子才有，那原因是什么呢？”“小人所好者，禄利也；所贪者，财货也 。”这是说小人所喜好的是禄利，“禄”是俸禄，小人所贪的是财物 。“当其同利之时，暂相党引以为朋者，伪也”，“党引”是结为朋党，互相援引 。这句说，当他们利害相同时，暂且互相勾结援引而成朋党，那是假的 。“及其见利而争先，或利尽而交疏，则反相贼害，虽其兄弟亲戚不能相保 。”“及”是到了，“其”代这些小人，“贼害”即伤害 。这几句说，到了他们见到好处而争先恐后，或者好处已经抢光了，交往也少了，则反而互相残害，即使是兄弟亲戚也不能相保 。所以，作者重复说：“故臣谓小人无朋，伪也 。”再说君子，他们的行为完全两样：“君子则不然，所守者道义，所行者忠信，所惜者名节 。”“不然”，即不是这样 。“守”，是坚守、遵循的意思 。“忠信”，是忠诚、守信，“名节”是名誉、气节 。君子所坚守的是道义，所力行的是忠信，所珍惜的是名节 。“以之修身，则同道而相益；以之事国，则同心而共济，终始如一 。”“以之”的“以”，是凭借的意思，“之”，代上面所说的“道义”、“忠信”和“名节” 。这几句说，凭借道义、忠信和名节来修炼自身，那么君子就有了共同的道德规范，相助而得益，凭借这些为国效力，那么君子就同心协力，始终如一 。接着，作者用“此君子之朋也”一句，强调这些作为与小人截然不同 。因此，他得出结论说：“故为人君者，但当退小人之伪朋，用君子之真朋，则天下治矣 。”“退”是斥退，罢黜，“用”是进用 。这几句说：所以做国君的，只要斥退小人的假朋党，用君子的真朋党，那天下就安定太平了 。
第二段运用了对比 。作者在分析君子、小人的区别时剖析道：小人、邪者以利相结，同利则暂时为朋，见利则相互争竞，力尽则自然疏远或互相残害，从实质上看，小人无朋；与此相反，君子之朋以道相结，以道义、忠信、名节为重，同道、同德，自然同心，从这一意义上看，君子之朋才是真朋 。二者对比鲜明，水到渠成的得出“退小人之伪朋，用君子之真朋，则天下治矣”的结论，增强了文章的说服力，同时带起下面的一段文字 。
第三段广泛列举史实，从各方面论证用君子之真朋则国兴，用小人之伪朋则国亡 。与上文开头的“朋党之说，自古有之”遥相呼应，对上文结尾的“退小人之伪朋，用君子之真朋，则天下治矣”，是有力的补充和论证 。文中正反引用尧、纣时对朋党的利用，加强对比，阐明小人无朋，君子有朋，有关国家兴亡 。再以东汉桓、灵时的党锢之祸、晚唐昭宣帝时朱全忠杀害名士的史实，引用反面例证，阐明迫害残杀君子之朋导致亡国的历史教训 。
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